Bagian pengendalian mutu PT. INDO ACIDATAMA Tbk disamping bertanggung jawab penuh terhadap mutu seluruh proses pembuatan Ethanol, Acetic Acid, Ethyl Acetate dan Pupuk Bio Organik Plus selama 24 jam/hari juga menganalisis bahan baku dan by product. Dilengkapi piranti serba computer antara lain : Karl Fisher Titrator, Spectrometer, Gas Chromatography, High Presure Liquid Chromatography, Polarimeter, Turbidimeter, Moisturmeter, Gas Analyzer, dan alat-alat bantu lainnya. Dengan sistem komputerisasi tersebut PT. INDO ACIDATAMA Tbk  mampu menganalisis dan menentukan kadar kemurnian bahan baku, hasil produksi dan impuritas sesuai dengan standar yang telah ditetapkan.